庆应二年（1866年）12月25日，孝明天皇突然驾崩了，享年36岁。
根据病历记载，从12月11日开始，天皇就高烧不退，卧病在床，经过多方会诊之后，总算是稳定了病情。本来以为再休息休息就没大碍了，不想24日病情突然又一下子恶化了，天皇不断地呕吐，吃什么吐什么，实在没得吐了就吐胆汁，就这样一吐就是一天，吐到25日，终于不再吐了，彻底不再吐了。
朝廷是当月29日对外发布了这个沉痛的消息的，但很快，民间就传出天皇不是病死而是被毒死的谣言，而且还传得有鼻子有眼，什么有人在天皇的毛笔上下毒，在砚台上下毒，传得最邪乎的是说有人潜入天皇的厕所，把里面的熏香换成传说中的九九断魂香，于是天皇就驾崩在马桶边上。但不管故事的情节怎么变，大家嘴里的答案似乎很统一，只有一个凶手，那就是我们的老熟人岩仓具视。
要说这哥们儿也挺倒霉的，自从在和宫下嫁的事上坑了幕府一把之后，就落了个两头不是人：幕府觉得这小子贼坏，尽干丧尽天良的事；尊攘派觉得这家伙太不忠，前后张罗着要把皇家公主卖给幕府。就这样，在幕府的操纵下，朝廷判了他滚出京都，在乡下找个小宅子反省自己；同时，尊攘派也给他送去了恐吓信，说是要把他砍死，然后暴尸街头。
从此之后，岩仓具视的日子就难过了，他整天就跟乌龟一样，躲在家里，大门不出，二门不迈，连深更半夜都不敢出去吸口气，上街买菜的自由也没了。这种乌龟缩头功一练就是好几年，搞得尊攘派想暗杀也没了方向，他们甚至都不知道岩仓具视究竟躲在哪儿。幸而过了一段时间之后，孝明天皇觉得其实这人也没什么，当时为了平息幕府的不爽才不得已赶走了他，现在既然已经顺利平息了，那就让他回来吧。
岩仓具视表面上没说什么，很听话地回到了朝廷，继续做了个官，但仅仅是表面上。这也是理所当然的。我把你赶到乡下去，一连好几年断了你的娱乐，断了你的网，连出门都不让你出，你能不恨我？这岩仓具视回归朝廷之后，恨上了两样东西：一样是孝明天皇，还有一样是幕府，后者是主要的。
事实上，岩仓具视躲在乡下的时候，尽管不出门，但也不是没人来拜访，比如萨摩藩的同志们就很关心这位前朝廷高级干部的生活，时不时地派人送点礼物来，主要是萨摩产的红薯。在这个过程中，岩仓具视跟萨摩越走越近，关系也越来越好。
综上所述，孝明天皇一死，损失最大的是幕府。因为他是支持公武合体，且积极跟幕府合作的，现在人没了，今后朝廷跟幕府的关系怎么走也就成了个未知数，在这种风雨飘摇的时节，幕府若是没有朝廷的支持，那真是很难接着往下混了。而得益最大的，就是倒幕派了。长期以来，倒幕派一直盼着幕府迅速消失，可无奈他们打的旗号是尊王倒幕，偏偏尊的那个王跟幕走得特别近乎，所以也就只能搞搞天诛，弄点恐怖袭击，除了被逼上梁山的长州藩之外，谁也不敢真刀真枪地倒。现在可好了，孝明天皇死了，说难听点，倒幕道路上最大的那块拦路石被挖走了，今后的前途搞不好就是一片光明了。
而集痛恨孝明、痛恨幕府且又经常能接触到天皇于一身的岩仓具视，自然而然地成为天皇之死的最大嫌疑人，这也是没办法的事。而且更加引人注目的是，他的妹妹和外甥女都在宫里做女官，服侍天皇，实在是具备了得天独厚的条件，外加无与伦比的动机。尽管几乎没有任何实质性的证据证明孝明天皇之死跟岩仓具视有关，但鉴于那么多客观事实存在，所以100多年来，他都不得不背上这口黑锅。说心里话，蛮可怜的。
孝明天皇死后，由其子睦仁亲王继位，也就是后来的明治天皇。当时小天皇不过15岁，政务自然得由身边人帮着处理。
再说德川庆喜一听到孝明的死讯，不由得松了一口气。虽说他很清楚这位老大的死对幕府意味着什么，但眼下已经顾不上这种“对幕府今后的发展有着非常不利影响”之类的长远利益了，因为远近全是事，一堆事，只能先顾着近的。
最近的事情有，法国公使列昂罗丘上书幕府，说是请开兵库港。兵库港在今天兵库县神户市那儿。德川庆喜这会儿正忙得团团转，本想说过段日子再议，但终究没好意思说出口，因为兵库开港这事已经来来去去拖了快10年了。
事情还得从安政五年（1858年）幕府跟英、美、俄、法、荷签订的安政五国条约说起，条约里规定得很明白，说是5年之后开放兵库港，也就是文久三年（1863年）开放，但孝明天皇知道了之后勃然大怒，表示其他的港口开放了也就开放了，唯独这兵库港死也不许开，因为那儿离自己住的京都太近，万一洋鬼子使什么坏心眼儿坑自己一下，那不全完了？就算不使坏，一想到要跟洋人挨得挺近，孝明就觉得浑身不自在，所以坚决驳回了这一条。
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