四年之后，八思巴病死，年四十六。
忽必烈闻之震悼，赐号“皇天之下、一人之上、开教宣文、辅治大圣、至德普觉、真智佑国、如意大宝法王、西天佛子、大元帝师”。基本把能用上的好字都用上了。
从八思巴本人来讲，他不仅推动了蒙藏之间的关系，还加强了吐蕃藏地依附中原帝国的纽带，确实是个“好人”。而后，清朝帝王有样学样，进一步利用宗教关系强化了对西藏的统治，并推陈出新，创造出达赖、班禅等转世制度，确保了对藏地的统治。
此外，据元末明初学者叶子奇的《草木子》记载，忽必烈尊宠八思巴，还有以下的一个原因：
世祖（忽必烈）既定天下，从容问刘太保（刘秉忠）曰：“天下无不败之家，无不亡之国，朕之天下，后当谁得之？”刘（秉忠）曰：“西方之人得之。”世祖以八思麻（八思巴）帝师有功，佐平天下，意其类当代有天下。（忽必烈）思为子孙长久计，欲阴损其福，而泄其气。于是，尊其爵至于一人之下，万人之上。丰其养至于东南数十郡之财不足以资之，隆其礼至于王公妃主皆拜伏如奴隶。甚而为授记，藉地以发，摩顶以足，代马凳子以脊，极其卑贱。及其（八思巴）既死，复于西方再请一人，以袭其位，事之一遵其制。其所以待之如此者，盖所以虚隆其至贵之礼，冀阴消其天下之福，以延其（忽必烈的元朝）国家之命。岂知历数不可以虚邀，福禄为彼之妄得？
这种记述，很有可能也是忽必烈的一种心理描绘，毕竟元朝皇帝都是大迷信之人。可见，后来的清朝达赖和班禅的转世制度，最早的灵感皆是源于忽必烈。
由于八思巴受到如此宠遇，蕃僧在元朝国内的地位日益提高。这些人自恃能为蒙古帝王祈祷行愿，恃恩恣行，成为色目人中势力最大的一伙儿。
忽必烈即位不久即颁诏书，下令各级官员、军队对藏僧“皆不准欺凌，不准摊派兵役、赋税和劳役”。密宗的殿舍，连金牌使者也不能占宿，更不准向喇嘛庙索取饮食和派差役，并且详细列明密宗寺庙不能占用的财产名目。
至于施舍赏赐方面，元朝皇帝对密宗僧人的滥赏，数目之巨，骇人心目。仅忽必烈对八思巴一人的赏赐，就令当时的汉人大臣感慨：“国家财赋，半入西蕃。”
而且，元朝基本上每位皇帝即位前，都要接受形式烦琐的藏传佛教仪式，先受佛戒，再登帝位。由此，元朝皇帝对藏僧赐物赐田，不计其数。举例来讲，据虞集《道园学古录·刘正奉塑记》记载，寺内立有“大护国仁王寺恒产之碑”，据碑上文字，这一处寺庙，就在大都城外拥有水田近三万顷，旱田三万五千倾，并占有山林湖泊鱼荡竹场等二十九处；泰定帝时，大天源延圣寺仅在吉安、平江二地就有一千多亩田为“永业”；元文宗时代，川地的大承天护圣寺，一次就获赐十六万九千多顷土地为“永业”。
与之相较，云南一地，建孔子庙为学校，元廷仅拨地五顷。没过几年，这五顷地为当地的大德寺所侵夺。
由于地位尊宠，有地可图，藏僧来内地者络绎不绝。元朝大德年间，藏地每年平均有千名僧人来内地，其中除一些奉召为帝王宗室做佛事外，不少人是来中原和江南贩运货物求财的。他们往返的巨额费用不仅元政府要“报销”，连交通工具都是元朝政府全程提供。
由于贩运货物数目巨大，每年都累死驿马无数。为此，元朝的汉臣痛心疾首地讲：“佛以清净为本，不奔不欲，而僧徒（包括内地的汉僧）贪慕货利，自违其教，一事所需，金银钞币，不可数计……生民脂膏，纵其所欲……畜养妻子，彼既行不修诘，适足亵慢天神……比年佛事愈烦，累朝享国不永。”
特别可恶的是，不少藏僧身佩金字圆符，络绎道途，驰骑数百，驿舍都住不下那么多人。气焰嚣张之外，他们还常常霸占民房，奸淫妇女，没有一点儿佛家子弟气象。
可笑的是，元朝统治者，不仅帝王宗室男子受戒，妃主及贵臣妻妾，也常常延诏帝师入家中“受戒”。男人们自外归家，听说自己的娘子受戒，就闭户不敢入内打搅。如此，“受戒”竟成为贵族妇女与番僧淫乱的绝佳借口。
“妃王寡居者，间数日，则亲自赴堂受戒，往往恣其淫佚，名曰‘大布施’，又曰‘以身布施’。”（《草木子》）由此，他们又会得到更多的物质回报。
最嚣张时，藏僧不仅敢从监狱抢人，连宗王王妃也敢因争道而拉之下马，痛打恶骂。事情上报后，元廷皆诏释不问。元文宗时，还颁旨令“凡民殴西僧者，截其手；詈（骂）之者，断其舌”，对藏僧回护至极。番僧中最恶者，当属杨琏真迦。忽必烈时代，此人被任命为江南释教都总统。这位杨琏真迦怙恩横肆，穷骄极淫。他最大的“功劳”，是在元世祖的默许下，发掘南宋诸帝陵寝。穷刨深掘后，杨琏真迦盗尽南宋陵墓内的珍宝，然后把诸帝尸骨混在一起，又杂置牛马枯骨埋于地下，上筑一塔，名曰镇南塔。
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