官升得快，阿合马的主意也越来越多。他一会儿上奏改铸金银，一会儿出主意禁止太原当地人煮盐贩卖得利，很得忽必烈欢心，又升为平章尚书省事。
阿合马并非一般巧言令色的佞臣，他为人多智巧言，以功利成效自负。此外，阿合马有辩才，常在与丞相安童等人争论时占尽上风。忽必烈对他大加赞赏，授以政柄，言无不从。
阿合马一朝权在手，就把令来行，并向忽必烈表示，“事无大小，皆委之臣，所用之人，臣得自择”，忽必烈允诺。
这样一来，阿合马把人事大权又抓于己手。
至元九年，元廷并尚书省入中书省，阿合马又被任为中书平章政事。忽必烈1260年设的中书省，是当时元朝中央最高的行政机关。中书令由皇太子真金担任，但只是名誉头衔。而左、右丞相之位又常空缺，平章政事实际上就是真正的中书省主管，类似今天的国务院总理和首相。
元朝的尚书省，原先的名字是“国使使司”，类似今天的财政部。忽必烈曾把“中书六部”改为“尚书六部”，正是想突出“财臣”的重要性。
阿合马倒是挺“举贤不避亲”，转年就把儿子忽辛任命为大都路总管兼大兴府尹。
由于行事太过擅权，右丞相安童多次向忽必烈进言，皆无效用。阿合马蹬鼻子上脸，派枢密院的心腹上奏皇帝要以忽辛任同佥枢密院事，想让他兼任“国防部长”。枢密院的最高官员是枢密使，也是真金太子挂名。所以，如果忽辛得任同佥枢密院事，阿合马等于让儿子掌握了元朝的军权。那样一来，忽必烈、真金父子的“家天下”，就会成为阿合马、忽辛父子的“家天下”了。
这次忽必烈没有同意，因为老皇帝深知阿合马的草包儿子担当不了如此重任，他说：“忽辛连贾胡做生意的事情都不清楚，怎能负责机要大事！”（原文是“彼贾胡事犹不知，况可责以机务耶！”，不少研究者望文生义或不看原文，以为忽必烈说忽辛是个“贾胡”，纵使“彼贾胡”断句，后面也连不上、说不通。）
此后，阿合马有所收敛。随着江南收为元朝所有，阿合马为忽必烈出主意，在南宋旧境行盐钞之法，并禁止官员私自买卖药材。为最大限度征利，他帮忽必烈设置诸路转运司，征利颇丰。
高兴之余，每遇财政问题，忽必烈都会说：“此财务事，其与阿合马议之。”
至元十五年，忽必烈对人感慨道：“夫宰相者，明天道、察地理、尽人事，兼此三者，乃为称职。阿里海牙、麦术丁等，亦未可为相。回回人中，阿合马才任宰相。”
可见，当时在元世祖心中，阿合马名列群臣第一。
大权独揽之下，阿合马日益贪横，援引奸党郝桢、耿仁等人，阴谋交通。这些人内通货贿，外示威刑。得知江淮行省平章阿里伯和右丞燕贴木儿不买自己的账，阿合马便奏称这二人擅支钱粮，很快以贪黩罪将二人杀掉。
元朝的“行中书省”简称“行省”，最早是中统年间忽必烈为了方便统治而设立的十个临时机构，当时叫“宣抚司”。
行省架构是中书省的“具体而微”，是中书省向全国的权力延伸，下辖路、府、州、县，权力很大。现在的“省”，正是由当年忽必烈的“行中书省”演变而来。
元廷宿卫中级军校秦长卿深知阿合马奸谋，慨然上书，发其奸谋，立即被阿合马下令逮捕入狱，酷刑折磨致死。
秦长卿上告信中有两句写得特别好：“现其禁绝异议，杜塞忠言，其情似秦赵高；私蓄逾公家资，觊觎非望，其事似汉董卓。”
纵观阿合马的搜刮手段和内容，无外乎以下几点：
其一，滥发交钞。忽必烈继位后，所颁定的中统交钞是以丝为本，交钞二两合银一两（银五十两为一锭）。1261年年底，发行中统元宝钞，分为十等，以钱为准，一千文钱（一贯）相当于一两交钞。南宋灭亡后，元朝用中统钞代替南宋的会子、交子，使币制达成统一。1273年以前，中统钞发行量相当有节制，每年不过十万锭。阿合马大权在握后，为了敛财，滥发钞币。自1276年开始，中统钞的币量每年都是大几十万锭，最高达一百九十万锭。如此，势必造成“物重钞轻”，最终使得“公私俱弊”，使元朝经济产生了严重的混乱。
其二，阿合马大兴“理算”（又称“打勘”“拘刷”），以检查清理政府财政收入为名实现敛财目的。其实，反贪反贪，越反越贪；理算理算，越理越乱。理算之法使得元朝各级官吏大鱼吃小鱼、小鱼吃虾米，最终吃大亏的还是基层官员和平民百姓。
其三，阿合马大搞官卖垄断，对银、铁、盐等实行垄断，又命官府铸造农器，使得农器品质相当粗劣又价格昂贵。同时，他巧立名目，增加各种税目，任意提高税金，甚至连死人也要收丧葬税，可以说是前无古人，后无来者。
阿合马致怨满天下，竭力排毁汉法以及儒士，使得儒臣与太子真金对他恨之入骨。但是，只要老皇帝忽必烈在位一天，真金太子就不敢拿他怎样。有逸史讲真金太子曾在朝上当面殴打阿合马，似乎不是实情。真金自幼受儒家教育，温良恭俭让，不可能在父皇面前做出如此“失礼”的举动。
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